納濾膜凈水系統水箱內的水位通常應保持在低限值水位以上，須正確地安裝水箱的進出口管線，避免水箱內存在死角，還須對水箱采取防止塵埃及微生物污染的措施，特別嚴格的使用條件下，要求水箱為密閉型，并設置納濾膜系統特制的水箱呼吸過濾器。
納濾膜凈水系統水箱可分為原水水箱、產水水箱、產水回吸水箱、加藥箱以及清洗水箱。
原水水箱
當用氯進行原水處理時，該水箱須提供20~30min的反應時間，納濾膜預處理系統內的自由空間也可起這樣的作用。原水水箱還常常起到緩沖作用，以便納濾膜系統在濾器反洗期間仍可連續運行。系統的操作模式為分批或半分批時，總是需要有原水水箱。
產水水箱
當產水為納濾膜系統所需的產品時，一般需要設置產水水箱，系統的起動與停機均與產水水箱的高低液位相連鎖。納濾膜系統的處理量與產水水箱的大小應作適當的設計，使得系統可以連續運轉幾小時。系統停機的頻率愈低，則系統的性能表現愈佳。
產水回吸水箱（drawback tank）
詳請請閱讀《反滲透膜系統為什么需要設置產水回吸水箱？》
加藥箱
對進水進行投藥處理時，須設置加藥箱，其容積一般為一天的藥劑使用量。
清洗水箱
屬于清洗納濾膜系統設備的一部份，詳見《沖擊式殺菌處理對反滲透膜系統微生物污染防治效果》的介紹。
